任何東西在使用過程中都會出現這樣或那樣的故障或問題。電磁流量計也不例外，電磁流量計傳感器位置安裝不當將造成兩大類故障，但總體來說可以把故障歸結為兩大類，分別是調試期故障和運行期故障。
第一是調試期故障。這一類故障通常在電磁流量計初始裝用調試時就出現，經過排除之后，在以后相同的條件下基本就不會再出現。常見的調試期故障通常由安裝不妥、環境干擾以及流體特性影響等三種原因引起。
安裝方面通常是電磁流量傳感器安裝位置不正確，從而引起的故障，常見的如將傳感器安裝在易積聚氣體的管系最高點;或安裝在自上而下的垂直管上，可能出現排空;或傳感器后無背壓，流體直接排入大氣而形成測量管內非滿管。
環境方面通常主要是管道雜散電流干擾，空間強電磁波干擾，大型電機磁場干擾等。管道雜散電流干擾通常采取良好的單獨接地保護就可獲得滿意結果，但如遇到強大的雜散電流(如電解車間管道，有時在兩電極上感應的交流電勢峰值Vpp可高達1V)，尚需采取另外措施和流量傳感器與管道絕緣等。空間電磁波干擾一般經信號電纜引入，通常采用單層或多層屏蔽予以保護。
流體方面被測液體中含有均勻分布的微小氣泡通常不影響電磁流量計的正常工作，但隨著氣泡的增大，儀表輸出信號會出現波動，若氣泡大到足以遮蓋整個電極表面時，隨著氣泡流過電極會使電極回路瞬間斷路而使輸出信號出現更大的波動。
低頻方波勵磁的電磁流量計測量固體含量過多漿液時，也將產生漿液噪聲，使輸出信號產生波動。
測量混合介質時，如果在混合未均勻前就進入流量傳感進行測量，也將使輸出信號產生波動。
電極材料與被測介質選配不當，也將由于化學作用或極化現象而影響正常測量。應根據儀表選用或有關手冊正確選配電極材料。
